Обичайната Рейки процедура включва цялото тяло, но Рейки може да се отдава и само на отделни позиции. При цялостната процедура получателят е легнал, в отпуснато състояние, като дрехите е най-добре да са удобни и да не пречат на релаксирането. Лечителят или практикуващият Рейки може да отдели няколко момента, за да изпадне в медитативно или просто спокойно състояние и да се подготви за процедурата.
Самата процедура включва поставянето на ръцете на практикуващия на точно определени позиции върху тялото на реципиента, като ръцете може и да нямат допир с тялото, а да стоят на няколко сантиметра от него. Обикновено ръцете се задържат между 3 и 5 мин. на една позиция, а цялата процедура трае между 45 и 90 мин.
Най-забележимият незабавен ефект от процедурата обикновено е състоянието на дълбока релаксация, както и приливът на сила и енергия. В някои случаи може да се появи и освобождаване на емоции. Реципиентите често споделят усещане за затопляне или леко изтръпване на третираното място, без значение дали ръцете на практикуващия са в допир с мястото или са на разстояние от него.
Твърди се, че Рейки процедурата стимулира естествените лечебни процеси, затова обикновено не се наблюдава моментално „излекуване“ на специфичните здравословни проблеми. За лечението на хронични състояния се препоръчва серия от три или повече процедури на интервали между 1 и 7 дена.